题目

　　Proteomic Features of Colorectal Cancer Identify Tumor Subtypes Independent of Oncogenic Mutations and Independently Predict Relapse-Free Survival

　　出处

　　Ann Surg Oncol，24:4051–4058，2017

　　研究机构

　　威斯康星医学院，MD Anderson癌症中心

　　背景

　　尽管目前在结直肠癌(CRC)上进行的功能蛋白质组的研究已经确定了非常多的关键的生物标记志物和信号通路蛋白。然而，其中许多蛋白质的预后相关性尚不清楚。所以，本文主要研究了如果通过RPPA技术来研究这些功能性蛋白的表达或修饰水平与预后之间的相关性。

　　方法

　　1、选取MD安德森癌症中心(MDACC)治疗的263例CRC肿瘤样本和462例癌症基因组图谱(TCGA)中的CRC患者的预后数据，通过研究功能蛋白质组对预后的影响，以确定驱动肿瘤发生的蛋白表达模式。

　　2、用反相蛋白微阵列(RPPA)技术检测了上述结直肠癌样本中的163种关键蛋白的表达。

　　3、然后对来自MDACC队列的蛋白进行聚类分析，并利用TCGA中的RPPA数据对聚类结果进行验证。

　　4、最后COX回归模型来发现可以预测肿瘤复发的蛋白。

　　结果

　　1、聚类分析结果显示可以将结直肠癌分为A和B两个亚型，A亚型具有高表达的上皮间充质转换(EMT)蛋白特征，B亚型具有高表达的Akt/TSC/mTOR通路成分。

　　2、AB两组在已知的基因组驱动因素上虽无差异，但在蛋白层面上，B组表现出较低的无复发生存率(风险率2.11，95%置信区间1.04-4.27，p=0.039)。

　　3、在多因素分析中发现了8种蛋白质是肿瘤复发的重要预测因子：Collagen VI、FOXO3a、INPP4B、LcK、p-PEA15、p-PRAS40、Rad51、p-S6。

　　结论

　　根据蛋白质组学特征，CRC可分为不同的亚型，而不依赖于常见的致癌驱动突变。蛋白质组学分析确定了具有预后重要性的关键生物标志物，但这些发现还需要在更大的队列中进一步验证。

　　结直肠癌(CRC)在美国仍然是癌症患者死亡的主要原因，这主要是由于肿瘤高度异质性和先天或后天的治疗耐药性。CRC的分类除了传统的TNM分期方法外，主要是基于基因表达的方法，但这些基因信息在早期的CRC的预后和治疗中只能提供有限的差异性信息。蛋白质表达和磷酸化修饰却准确地反映了细胞的功能和肿瘤的生物学信息，并可能在我们定义CRC分类时提供独特和有意义的信息。

　　癌症基因组图谱(TCGA)项目通过对人类结肠癌和直肠癌进行全面的分子表征来揭示CRC的肿瘤生物学信息，一方面增加了我们对CRC的病理学中涉及的遗传和表观遗传事件的了解，另一方面，这也表明了结肠和直肠肿瘤在分子水平上是无法区分的。Zhang等通过对95例CRC肿瘤标本的蛋白质组学进行分析，进一步研究了这些基因组的改变。利用液相色谱-串联质谱(LC-MS/MS)，他们确定了在CRC肿瘤发生中至关重要的离散蛋白质组CRC亚型和驱动途径。然而，对于这些蛋白质和蛋白质对应的预后相关性知之甚少。为此，我们使用反相蛋白微阵列(RPPA)技术分析了TCGA和MD安德森癌症中心(MDACC)治疗的CRC患者的功能蛋白组表达和磷酸化修饰信息。我们试图确定CRC肿瘤亚型是否可以根据独特的蛋白质特征来识别，并研究这些功能蛋白的预后意义。

　　参考文献

　　Proteomic Features of Colorectal Cancer Identify Tumor Subtypes Independent of Oncogenic Mutations and Independently Predict Relapse-Free Survival,Ann Surg Oncol,24:4051–4058,2017.

　　RPPA(反相蛋白微阵列)技术相比于其他蛋白组学或抗体芯片等分析技术，可高效的分析样本集群，覆盖了肿瘤发生和发展相关的300种以上的主要信号通路蛋白，实现关键信号通路蛋白表达及其磷酸化修饰水平的超高灵敏度检测和准确定量。RPPA技术被MD安德森癌症中心等全球主要的癌症研究中心及科研单位应用于生物标志物的发现、肿瘤分子机制研究、肿瘤分子分型、肿瘤微环境研究和药物靶点发现。杭州纽蓝科技有限公司致力于RPPA技术在国内的推广(RPPA技术平台建设 & RPPA技术应用)，欢迎感兴趣的老师前来咨询RPPA技术及其应用!