Evosep One搭配Orbitrap Fusion Lumos,运用30 samples/day的方法,在48h内鉴定出约80000的肽段数,基本与Easy-nLC 60h的鉴定数相当,但通量得到了大幅度提高。
题目:
EvosepOne Enables Robust Deep Proteome Coverage Using Tandem Mass Tags while Significantly Reducing Instrument Time
研究机构:
加拿大SPARC Biocentre and Program in Cell Biology、丹麦Evosep公司、加拿大玛格丽特公主癌症中心、加拿大多伦多大学
研究背景:
全面分析蛋白质组与使用宝贵的质谱时间之间的平衡是蛋白质组学领域的真正挑战。多维分级分离的方法能显著增加了蛋白质组覆盖率,但通常以延长分析时间为代价。选用Evosep One的方法,能在较传统时间大幅度缩短的情况下,鉴定出样本中TMT标记的患者非小细胞肺癌来源的异种移植物中类似的肽段数。
研究方法:
样本:人非小细胞肺癌的异种移植小鼠的肺组织检测方法:小鼠肺组织经过破碎、裂解、消化和TMT标记后经HPLC预分离成60个组分后,分别用Easy-nanoLC1200搭配Orbitrap Fusion Lumos Tribrid和Evosep One搭配Orbitrap Fusion Lumos Tribrid进行分析。
研究结果:
从Table1中可得到Evosep One在采用30 sample per day的方法时(condition C),鉴定得到的肽段数为79888个,总耗时48 h。在相同上样量的情况下,easy-nLC鉴定得到的肽段数为87554个(condition A),总耗时60 h。两者相比较而言,在鉴定得到的肽段数大致相当的情况下,检测时间缩短12 h。
Table1 Evosep与Easy-nLC鉴定得到肽段数的比较
运用Evosep 60 samples per day的方法做3次重复,Fig.2A和B分别是≥2特征肽段和≥3特征肽段的重复性实验结果,从结果可知其具有高度的可重复性。
Fig.2 A/B Evosep One 60samples/day方法下的可重复性实验
研究结论:
Evosep One搭配Thermo Orbitrap FusionLumos可实现通量的提升。在运用Evosep One 30 samples/day的方法下,在蛋白组学深度上可以达到和传统EASY nano LC相当,并节省了12个小时的时间。运用不同的Evosep One方法,可得到不同的鉴定数和通量时间。
参考文献:
JonathanR. Krieger, Leanne E. Wybenga-Groot, Jiefei Tong, et al. Evosep One Enables Robust Deep Proteome Coverage Using Tandem Mass Tags while Significantly Reducing Instrument Time [J]. J. Proteome Res. 2019, 18, 2346-2353.
2022-05-05
2022-04-14
2022-04-12
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